日本军队在第二次世界大战中的陆军组织结构是建立在高度集中的指挥体系和严格的等级制度基础上的。这种组织结构的形成可以追溯到明治维新时期日本的军事改革，这些改革旨在建立现代化的军事力量以支持国家的扩张野心。以下是关于日军在二战中的陆军组织结构的详细介绍：

一、陆军省（Showa） 陆军省是日本陆军的最高行政机构，负责制定政策和指导作战行动。它由陆军大臣领导，陆军大臣通常是由现役的陆军将领担任，向天皇直接报告。陆军省下设多个部门，包括参谋本部、军务局、经理局等，每个部门都有特定的职责范围。

二、参谋本部（Gunrei Hombu） 参谋本部是陆军的核心决策机构，负责策划战略和战役计划，以及指导部队的行动。它的核心成员被称为“战争指导班”，他们负责分析情报、预测敌方动向，并为高级军官提供建议。参谋总长通常是具有丰富实战经验的将军，他的职位仅次于陆军大臣。

三、师团（Shudan） 师团是日军的基本战术单位，相当于其他国家的集团军或军团。每个师团大约有10,000至20,000名士兵，分为几个旅团和联队。师团的编制因任务而异，但通常包括步兵、炮兵、工兵和其他支援部队。最常见的师团类型是甲种师团，它们装备精良，训练有素，被认为是主力部队。

四、旅团（Taisha）与联队（Rentai） 旅团是由两个以上的联队组成的战斗群，其规模取决于任务和环境。联队则是基本战术单位，相当于其他国家的旅，约有3,500人左右，包括三个步兵大队和一个机枪中队以及其他支援部队。

五、大队（Daitai）与中队（Chutai） 大队是联队的下属单位，大约有1,100人，包括四个步兵中队、一个机枪中队和一个迫击炮小队。中队则是在大队之下的单位，约有180人左右，包括三个分队和一些支援人员。

六、分队（Hontai）与小队（Sho Tai） 分队是小队在大队之下的小型战斗单位，通常包含两个或者更多的班级，大约有40-60人。小队是最基本的作战单位，通常由一个小队长和几组士兵组成，每组约7人，配备轻武器和弹药。

七、士官与士兵 日军的士官系统非常严格，从上往下依次为将校、尉官、曹长、军曹、伍长等，他们对士兵有着绝对的权威。士兵则按服役年限和表现分为不同级别，如兵长、上等兵、一等兵等。

八、教育与训练 日军的教育和训练强调忠诚、服从和无条件执行命令。这使得他们在战场上表现出极高的纪律性和牺牲精神，但也导致了他们在某些情况下无视平民伤亡和人道主义原则的行为。

九、后勤与补给 日军的后勤系统相对高效，能够保证前线部队得到必要的物资供应。然而，随着战争的扩大和资源的耗尽，后期的补给问题日益严重，这也影响了日军的作战效率。

十、科技与装备 在战争初期，日军的装备和技术水平相对于其他国家来说较为先进，尤其是在亚洲战场。但随着战争的进行，尤其是美国加入战争之后，日军的装备逐渐显得过时，特别是在海军和空军方面。

十一、战略与战术 日军的战略思想深受武士道的传统影响，强调进攻性和主动性。他们的战术灵活多变，善于利用地形和出其不意的攻击手段。但在太平洋战场的岛屿争夺战中，面对美军的强大火力和资源优势，日军的战术开始显得陈旧且缺乏有效的反制措施。

十二、国际影响 日军的侵略行为对亚太地区乃至全世界都产生了深远的影响。他们的暴行和对平民的无差别攻击留下了深刻的创伤，至今仍被许多国家视为历史的教训。

综上所述，日军在第二次世界大战中的陆军组织结构体现了高度的集中化和严密的等级制度，这在一定程度上反映了日本的文化和社会结构。然而，这种结构也暴露了其僵化和不适应长期战争的特点，最终导致其在全球反法西斯联盟的压力下溃败。